CpG岛微阵列是利用CpG岛文库制备的DNA微阵列，它类似于基因组研究中的cDNA微阵列。CpG岛文库应用优势体现在：CpG岛文库克隆测序并递交核酸数据库（如NCBI GenBank）即可获得准确的CpG岛来源基因；CpG岛主要位于基因的启动子区和第一个外显子区，经比对核酸数据库后，可获得cDNA微阵列所不能检测到的低丰度的新基因；可筛选到高甲基化的新基因。